书院是中国学问和教育传统中的一种形式，在现代高等教育体系中为何要设立书院？简而言之，复旦大学的书院就是通识教育的第二课堂。通识教育的第一课堂是通识教育的课程——核心课程，每一位复旦大学本科生都必须进入这核心课程七大模块的每一个模块中，必须修其中的一门课，这是学分的规定，这就是通识教育的第一课堂。为什么还需要第二课堂？我们的回答是非常明确的，我们把同学组织到书院中，就获得了另一种学术交流的平台——一个跨学科的学术交流平台，譬如我们任重书院有中文系、哲学学院、文博系、历史系、旅游学系，还有管理学院，这样几门学科在任重书院的平台上就获得了一个机会，学生和学生之间跨专业、跨学科的交流平台，同时也是导师之间跨学科、跨专业的交流平台。
为什么书院有其重要性呢?专业的细分化是今天包括西方在内的高校教育的一个通病，所以只有突破专业的壁垒来交流，才能推进知识的进展，推动学问的发展。这是一个重要的原因。
我们建设书院，还有一个重要的原因，就是让复旦的校园文化以学术精神为核心。校园文化是整个社会文化的一个方面，高校的校园如何把自己跟普通的社会文化形成区别？它的特征是什么？我一直认为，校园文化的核心就是学术精神。我们把书院的建设看成是校园文化的主体，这是对书院存在理由的另一个必要的说明。假如我们复旦大学可以办一个选美活动，这也是一种文化，但它恐怕不适合于高校。